Simplissime si l'on dispose de pdftk :

$ pdftk source.pdf stamp filigrane.pdf output destination.pdf

Typiquement, on crée un document à l'aide de inkscape qu'on “enregistre sous” en au format PDF.

Si pdftk n'est pas disponible sur votre système¹⁾ :

# apt-get update
# apt-get install pdftk